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Archive for febrero 2012

La industria farmacéutica en el cuello de la botella pero hay salida en la informática

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Es evidente que es necesario controlar los productos farmacéuticos que salen al mercado. Nadie quiere que pasen cosas como lo de la famosa Talidomida de los años 60 que era una maravilla como sedante cuando se fabricaba en el laboratorio pero al hacerlo industrialmente se convirtió en un agente teratogénico (que provoca malformaciones congénitas). Entonces miles de niños nacieron con malformaciones, tras aquello se estableció la norma de que hubiera un control de los medicamentos tras su puesta en el mercado, es lo que se llama fase cuarta de los estudios clínicos.

A  las otras tres hay que añadir una de estudios pre-clínicos, esa que se hace con animales y que si no existiese, mal que les pese a los ecologistas, habría que abandonar el desarrollo de nuevas medicinas. Antes de eso está el desarrollo de la idea, que suele ocurrir en las universidades, y que, cuando ya está lista para entrar en estudios pre clínicos sólo cuenta con una posibilidad entre 5 000 de llegar al mercado. Entre la fase pre-clínica y las tres clínicas se corren enormes riesgos (el producto puede no funcionar con humanos como lo hacía en ratones, pueden aparecer efectos secundarios, a lo mejor no hay manera de fabricarlo industrialmente, etc.), se gastan cientos de millones de euros y se tarda entre ocho y doce años. Luego hay que vender mucho y muy rápido porque quedan sólo ocho o doce años de validez de la patente y luego cualquiera podrá fabricar tu medicina sin tener que pasar por todo el largo y costoso proceso.

Pues bien, con todas las regulaciones, cada vez más asfixiantes para la industria farmacéutica y la complejidad creciente de los medicamentos la industria cada vez produce menos productos nuevos. Es como si hubiese llegado a un embotellamiento, hay muchos proyectos interesantes pero nadie quiere tomar el riesgo de ponerlos en marcha.

Que el futuro de la industria farmacéutica se encuentra en la medicina personalizada no es ningún secreto. Los médicos se ven obligados muchas veces a hacer el prueba, falla, prueba otra cosa hasta encontrar el medicamento que funcione porque dependiendo de enfermedades, lo que recetan será efectivo como mucho en un 80% de casos. Un análisis genético puede dar información sobre qué medicina funcionará mejor antes de comenzar a probar suerte. El ahorro que eso supondrá en sufrimiento y dinero público tirado en tratamientos ineficaces es lo que está moviendo la industria en esa dirección. Últimamente se han publicado noticias tan sorprendentes como que para el año que viene o así  se espera ya que se pueda obtener el genoma completo de una persona en un día y por 1000 dólares.

Este avance tan espectacular se debe, en parte al aumento de potencia de los ordenadores y en mucha mayor parte a las herramientas informáticas que gracias a las nuevas capacidades se han podido crear en conjunción con los nuevos sistemas altamente eficientes que no se habrían creado sin esos sistemas informáticos, de ahí que hasta el año 2005 el aumento en el poder de secuenciación siguiera la ley de Moore y después se disparara.

Una transformación radical está teniendo lugar en el mundo de la tecnología de la información, que promete ser tan significativa y estremecedora de los modelos de negocios existentes  como lo fueron las aplicaciones web en la década de  los 90 y la virtualización en la primera década del siglo 21. Es un cambio fundamental en las empresas de forma, sus empleados y sus clientes a gestionar, compartir y asegurar las cantidades asombrosas de datos que pasan por sus manos todos los días. Esto hará que se disponga de datos a velocidades más altas, en escalas más grandes ya menor costo que cualquiera podría haber imaginado hace unos años. Es la revolución del almacenamiento 3.0, y está sucediendo ahora mismo.  De Xconomy “How Big Data Is Changing Everything

Hace años, cuando estudiaba biología me decían que mi carrera no tiene salidas. Yo escuchaba aquellos comentarios compungido, pensando en cómo algo tan maravilloso como estudiar la vida podía no servir de nada fuera de la Universidad. Bueno, ahora estoy trabajando en el campo de la biotecnología y me planteo si me interesa más volver a la universidad o desarrollarme en el campo de la propiedad intelectual (patentes, valoración de proyectos, etc.) No me parece que sean pocas las opciones. Me pregunto si todavía seguirán torturando a los estudiantes de ciencias de la vida con aquello de que lo negro que lo tienen. Pues, si a alguno/na le interesa la informática le recomiendo que se meta de cabeza, algunas univesidades como la de Navarra lo ofrecen como estudios de postgrado, otras organizaciones como el Instituto Nacional de Bioinformática ofrecen cursos. La bioinformática está tan solo despegando y no me extrañaría que se convierta en una necesidad apremiante para las empresas, que verán en las nuevas herramientas una salida al cuello de botella

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febrero 29, 2012 at 11:48 pm

Publicado en Biotecnología, Tecnología

Hasta qué punto puede ser peligrosa la ciencia. La controversia del virus manipulado de la gripe aviar

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La revista Nature ha publicado este mes un artículo que pretende arrojar luz sobre la controversia que provocaron dos trabajos, publicados una en esa revista y otro en Science, en los que, de la manera más inocente, se explicaba algo tan tenebroso cómo la manera en que manipulando el virus H5N1 (gripe aviar) se consiguió que fuera transmisible entre mamíferos (en concreto hurones), cuyos contenidos son tan inquietantes que el gobierno de los EE.UU  preocupado por la biodefensa de su país intervino y pidió a los editores que ocultaran cierta información de la que contenían . Esto ha hecho que se escriban ríos de tinta sobre la controversia de qué tipo de ciencia debe ser censurado y, cómo censurar la información en  documentos que supongan una potencial amenaza de bioterrorismo.

Los dos trabajos en el ojo del huracán fueron llevados a cabo por los grupos de Ron Fouchier del Centro Médico Erasmus en Rotterdam, Países Bajos, y el de Yoshihiro Kawaoka de la Universidad de Wisconsin, Madison, y la Universidad de Tokio Instituto de Ciencias Médicas. Poco se ha revelado acerca de los experimentos Kawaoka presentados a Nature, pero el trabajo de Fouchier es ya un secreto a voces. Fouchier ha presentado sus investigaciones en reuniones científicas y los métodos relativamente simples utilizados por su equipo son bien conocidos por los virólogos.

En la actualidad, el virus H5N1 es un fenómeno estacional en al menos 63 países. Rara vez se transmite de huéspedes animales a personas pero, cuando lo hace, resulta ser extremadamente virulenta, con tasas de mortalidad general de alrededor del 60%. Lo cual es especialmente preocupante si se considera que la población mundial no tiene inmunidad preexistente al virus H5N1, no hay reservas de medicamentos antivirales y no hay certeza de una vacuna fiable en los pocos meses que tomaría una pandemia en expandirse.

En las próximas semanas, aparecerán las versiones censuradas de los documentos sobre el  H5N1 en las dos revistas. Los detalles de la secuencia del virus o la ubicación de las alteraciones genéticas serán eliminados de los artículos. Parte o la totalidad de los protocolos experimentales serán también omitidas. Se ha sugerido que científicos acreditados tengan un acceso restringido a las versiones completas de los artículos.

La revista Nature pone varias preguntas sobre la mesa.

La primera es, ¿qué sentido tiene publicar artículos científicos en los que no se habla ni de métodos ni de resultados?
La segunda se refiere a la seguridad informática. La mayoría de científicos usan sistemas de seguridad que a cualquier hacker le parecerían de risa. Si un terrorista sabe que un científico tiene en su poder información valiosa para él, no le costará nada conseguirla, entonces, ¿de qué sirve mantener esa información en secreto?

Y la última es, ¿no sería mejor pensarse antes a qué tipo de investigaciones se destinan el dinero público?

Nature pide, por último, que el debate se lleve con racionalidad para evitar consecuencias como  la prohibición del presidente George W. Bush de estudiar las células madre embrionarias y la moratoria de la Unión Europea sobre los cultivos genéticamente modificados.

Fuente: Nature

Why genies don’t go back into bottles

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febrero 22, 2012 at 11:00 pm

El índice Eco2 sobre la salud ecológica mundial (país por país)

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La universidad de Columbia (Canadá) ha elaborado un índice de salud económica-ecológica en el que se ven reflejados 150 países/estados de todo el mundo.

Quizás no sea de extrañar que Canadá ocupe una de las primeras posiciones como tampoco que su país vecino, los EEUU, ocupen una de las últimas. Pero para quién pueda sospechar de cierta tendenciosidad el informe va a resultarle muy sorprendente. Las primeras posiciones las ocupan países cuya economía tiene poco impacto a escala global y hay una extraña falta de correlación entre la riqueza económica del país y su posición en la escala, aunque parece haber una tendencia a que a mayor riqueza peor sean las condiciones ecológicas.

En general la zona del mundo que mejores puntuaciones obtiene es Sudamérica, donde destacan Bolivia, Paraguay, Argentina y Brasil

Como ejemplo daré algunas de las posiciones del índice:

1 Timor-Leste
2 Gabon
3 Bolivia
4 Angola
5 Central African Republic

103 United States of America
104 Poland
105 Syrian Arab Republic
106 China

126 Spain
127 Greece
128 Portugal
129 United Kingdom

147 Korea, Republic of
148 Israel
149 Kuwait
150 Singapore

Fuente: The Eco-squared index of nations

Eco2 índice

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febrero 21, 2012 at 8:33 am

Qué son extremófilos y por qué podría estar en ellos la clave de la próxima revolución industrial.

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Según el Manual de los extremófilos (Editorial Springer), los extremófilos son seres vivos (generalmente bacterias, pero también hay algas y algunos tipos de crustáceos y gusanos) están adaptados crecer óptimamente en ambientes que consideramos extremos y que, bajo un punto de vista humano son, claramente hostiles.

Gran fuete prismática del parque de Yellowstone.  Sus aguas termales albergan una rica flora bacteriana.

Algunos ejemplos de extremófilos:

Los acidófilos: su pH óptimo de crecimiento está en los 3-4 que es cómo el vinagre o por debajo.

Alkalófilos: les gustan los ambientes cómo el de la lejía o el amoníaco, con pH por encima de 10

Endlitos: viven dentro de las rocas

Halófilos: Basta darse un paseo por las salinas de Santa Pola para ver uno de los espectáculos más hermosos de la naturaleza. Enormes balsas de agua rojiza en las que, no sólo viven bacterias que le dan ese color al agua sino pequeñas gambas y, a menudo flamencos que se alimentan de ellas.

Hipertermófilos. En las profundidades marinas, en las chimeneas volcánicas, se descubrieron en los años 70 unas poblaciones de gusanos y crustaceos que viven una cierta distancia del chorro de agua caliente, donde la temperatura es de unos 80 grados, aunque hay bacterias para las que la temperatura óptima es de 121 grados centígrados.

 

 

 

 

 

 

 

Gusanos tubulares creciendo al lado de la chimenea hidrotermal

Piezófilos: Resisten presiones de 40 Mega Pascales o superiores. Si la presión atm normal son 101.325 kPa, estos organismos  viven a 394 769 veces la presión que nosotros soportamos.

Oligótrofos: organismos capaces de crecer donde prácticamente no hay nutrientes.

Radioresistentes: resisten niveles altos de radiactividad

Y la lista sigue y sigue….

Todos estos organismos, como es obvio, están constituidos por proteínas, lípidos y azúcares especiales para resistir o sacar partido de las condiciones adversas. De especial interés, para la industria son las enzimas, esas pequeñas máquinas que realizan funciones tan complicadas como ensamblar y desensamblar piezas, catalizar reacciones químicas, etc. y que en el caso de los extremófilos podrían soportar condiciones industriales de trabajo.

Un ejemplo es el trabajo de Richard Giannone y sus colaboradores para Oak Ridge National Laboratory. Su equipo de investigación está trabajando con bacterias Caldicellulosiruptor obsidiansis para producir de forma industrial etanol.

La bacteria, que crece en su ambiente a temperaturas altísimas, es capaz de descomponer sustancias naturales como madera, hierbas, hojas, etc. Y fabricar el preciado biofuel.

El alcohol etílico ha sido siempre considerado como el mejor candidato para sustituir a la gasolina, de no ser por lo cara que es su producción que requiere la fermentación de la glucosa y el posterior destilado para obtener una buena concentración.

Lo que se persigue con este objetivo es que echando los desechos de serrerías, jardines, etc. A un contenedor, se saque alcohol para uso como combustibles con la concentración suficiente como para que su precio de mercado pueda competir con el de la gasolina.

Fuentes: The Handbook of Extremophiles (Ed. Stpringer, 2011), Nano Patents and Innovations.

Yellowstone Bacteria May Yield For Biofuel Inspiration

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febrero 17, 2012 at 8:09 am

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Como consigue retener Polonia a sus mejores científicos sin ofrecer ni sueldos elevados ni laboratorios de ensueño.

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Para los que leéis este blog y no hayáis curioseado en mi perfil debo introducir la siguiente entrada explicando que se basa en mi experiencia como español residente en Polonia desde hace once años y como científico de profesión y vocación.

Lo siguiente es un extracto de la entrada más reciente que he hecho en la página de noticias sobre Polonia que publica un periodista expatriado en Varsovia, Nestor Tazueco, en la que me cedió un espacio para que comentara mis opiniones y percepciones sobre la vida en este país. Para ver toda la noticia sólo hay que hacer clic al final del extracto.

 

 

Algo que sorprende cuando se empieza a conocer la cultura de este país es el trato especial que se da a los escritores, músicos, profesores, científicos o a cualquier persona que destaque por el nivel de sus conocimientos y que viva de desarrollarlos, de transmitirlos o de crear algo con ellos. De esas personas se dice que pertenecen a la Inteligencja (leído inteliguensia)

En Polonia Inteligencja es una clase social a la que se pertenece independientemente del poder adquisitivo. Su origen está en la aristocracia empobrecida por las autoridades de Rusia, Prusia y el imperio austrohúngaro que, a principios del siglo XIX, se repartieron el país desposeyéndolos y dejándoles, tan solo, con el orgullo de su superioridad intelectual y una especie de sentido de deber que les obligaba a invertir en educación como única manera de atestiguar su procedencia aristocrática.

Después de la caída del comunismo se ha ido creando, poco a poco una clase media, pero por encima de los más ricos, la clase que cuenta con más respeto que en España los Botines, las Koplovitz, Florentinos, Ortizes, etc  es la Inteligencja. En Polonia se respetaría más a un profesor universitario cualquiera que al mismísimo Amancio Ortega.

http://polskaviva.com/2012/02/14/como-consigue-retener-polonia-a-sus-mejores-cientificos-sin-ofrecer-ni-sueldos-elevados-ni-laboratorios-de-ensueno/

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febrero 14, 2012 at 11:05 pm

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El futuro evolutivo de la humanidad

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Alguno dirá que la humanidad no tiene futuro, que vamos a consumirnos en alguna catástrofe que habremos originado nosotros mismos. Eso mismo decían ya los primeros cristianos hace dos mil años y seguimos aquí. Hoy en día siguen haciéndose profecías, sobre el fin del mundo, la mayoría de ellas refiriéndose a antiguos calendarios hechos por mayas, aztecas, predicciones hechas hace siglos que leídas literalmente parecen los balbuceos de un esquizofrénico o por fenómenos naturales más o menos probables.

A lo que los aficionados de promover el miedo colectivo no suelen hacer referencia es a la informática como origen de nuestro apocalipsis. Y sin embargo es, probablemente, la única teoría sobre el fin de la humanidad que cuenta con cierta reputación entre la comunidad científica, la que habla de un fenómeno que, poco a poco,  se está acercando a una fase explosiva, en la que seremos barridos de la faz de la tierra.

La singularidad está cerca.

Profecía hecha por Raymond Kurzweil, científico especializado en Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial, en su libro “La era de las máquinas espirituales”.

 

 

Esta teoría dice que el crecimiento de la capacidad de procesamiento de los ordenadores, que desde que se formuló la ley de Moore en los años 70, ha venido duplicándose cada 18 meses, no es lineal como se supone sino exponencial.

 

 

 

 

 

 

Lo que dicen los partidarios de la singularidad es que, cuando lleguemos al punto en el que la evolución de la tecnología se dispare, perderemos el control y crearemos máquinas que serán más inteligentes que nosotros, dotadas de creatividad e ingenio. Máquinas que empezarán a reproducirse sin nuestra ayuda y que cuando dejen de necesitarnos considerarán la vida biológica como a una plaga a eliminar.

A muchos os sonará esto al argumento de Terminator, pero aunque es muy probable que el argumento de la película se inspirara en esta tecno-profecía. Máquinas mucho más poderosas e inteligentes que nosotros deberían ser capaces de eliminarnos sin luchar.

http://www.singularity.com/

Hay más de un argumento que rebate la posibilidad de que esto ocurra.

El primero es que la tecnología está hecha para servirnos, para hacer lo que nosotros le pedimos y ningún ordenador, ni superordenador tiene voluntad propia porque para tenerla habríamos de dársela nosotros.

El segundo es que la tecnología desarrolla nuestras capacidades, como personas y como especie. Se puede decir que tenemos un sistema nervioso artificial con el que nos comunicamos, al que llamamos ciberespacio, ojos que ven lejanas galaxias en forma de telescopios y tentáculos que extendemos más allá de nuestra madre tierra como satélites y naves espaciales.

El tercero es que las máquinas no tienen emociones, porque no sabemos cómo dárselas y aunque lo supiéramos no tendría sentido darles algo que las hace ineficaces e imprevisibles. Por muy inteligentes que sean siempre serán racionales, y, por tanto, previsibles.

 

La singularidad ya está ocurriendo

 

Al menos eso piensan algunos. Según esa hipótesis no son las máquinas por separado las que van a tomar el control, sino una entidad, que surge del pensamiento coordinado de la humanidad. Un ente abstracto pero muy poderoso, tan difícil de ver y sentir para nosotros como lo sería para las células saber que forman parte de un organismo.

AemROwI

Lo que esta teoría dice es que existe ya un ser, al que nosotros hemos dado vida, del que somos parte como sus células  y que usa las redes eléctricas y de comunicaciones  como sistema neuronal.
Recuerdo, creo que fue en el programa Redes, a un científico decir que la cantidad de ruido, informacional, generada por esa red hace y hará siempre imposible que un ser que la use como sistema neurológico sea capaz de pensar con claridad.

 

La humanidad será un híbrido de biología y tecnología.

 

Danny Hillis, en una famosa charla de TED, dada en 1994, explicaba que, la ley de Moore lo que refleja no es la evolución de las máquinas sino la de la humanidad. La charla es muy entretenida de ver. Recomiendo verla imaginando al ponente no en un escenario, ante un público selecto sino en un bar, sosteniendo una cerveza y hablándonos a nosotros en persona, porque ese es el tono en el que está dada. El tipo incluso alardea de tener su tarjeta de visita impresa en ADN y de llevar encima tantas tarjetas como para que todas las personas de la humanidad reciban una.

Según Danny la evolución de la tecnología lo que sigue es una curva, no exponencial, porque los fenómenos naturales prácticamente nunca se producen siguiendo ese esquema sino sinusoidal que es, primero crecimiento lento, después se dispara exponencialmente y luego se desacelera para llegar a una nueva situación de equilibrio.

Lo que os dice Danny es que cuando lleguemos a la parte de arriba de nuestra evolución biotecnológica, seremos una humanidad distinta.

http://www.ted.com/talks/danny_hillis_back_to_the_future_of_1994.html?awesm=on.ted.com_Hillis1994&utm_campaign=&utm_medium=on.ted.com-static&utm_source=t.co&utm_content=awesm-publisher

Personalmente me parece la más creíble de todas las descripciones que se han hecho del futuro de la humanidad. Para imaginarse al futuro ser humano como un híbrido de biología y tecnología no hace falta tener mucha imaginación. Si ya se está trabajando en fabricar unas lentes de contacto mediante las que podamos ver la pantalla de un ordenador proyectada en nuestra retina y si para muchos de nosotros la vida sin internet o el teléfono móvil es inimaginable,  puede que ya seamos una especie híbrida…

Virtual Reality Contact Lenses Could Be Available by 2014

Written by Cibervórtice

febrero 8, 2012 at 12:07 am

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